目前在建筑服务、运输服务、酒店住宿等行业中普遍存在挂靠经营行为，挂靠人以被挂靠人的名义开展经营，经营获得款项由被挂靠人收取和进行财务处理。被挂靠人定期按照与挂靠人事先约定的比例扣除一部分费用后将剩余款项支付给挂靠人。目前对于经营过程中由谁承担纳税义务已由《营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称“实施办法”）明确规定，但是对挂靠人与被挂靠人结算资金时如何开具发票尚缺少相应规范，给挂靠经营的双方带来了较大风险。
笔者认为，根据实施办法第2条的规定：“单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人”。挂靠人一定满足“以被挂靠人名义对外经营”的条件，否则就不能称之为挂靠经营；因此可以按照法律责任归属不同将挂靠经营分为由挂靠人承担和由被挂靠人承担两种，两种情形下挂靠人与被挂靠人结算对外交易款项的发票开具需要采取不同处理方法。
第一种情形：挂靠人承担法律责任。这种情况下，以挂靠人为纳税人，因此挂靠人在提供服务时应当开具发票和确认收入，而被挂靠人收取的款项属于代收性质，因此被挂靠人在收款时不确认收入。在双方结算时，被挂靠人按约定比例扣除的款项可以视作为挂靠人提供代收款项服务的对价，或出借相关资质和特许经营权的对价，向挂靠人开具“代理服务”或“特许经营权使用费”的发票，适用税率均为6%。
例如，A酒店与B企业签订协议，由B挂靠经营A酒店内的餐厅，约定由B承担法律责任和开具发票，由A代收餐厅收入款项和代付餐厅支出款项，每月末A按盈利额的20%收取费用，余款支付给B。则A与B可以约定A收取的此项费用属于代理核算的费用或B借用相关经营许可资质的费用，在支付余款时，应由A就扣除费用的部分向B开具发票。
第二种情形：被挂靠人承担法律责任。按照实施办法第2条的规定，如果挂靠人以被挂靠人的名义对外经营且由被挂靠人承担法律责任，则以被挂靠人为纳税人，发生交易时由被挂靠人开具发票和确认收入。挂靠人只是代被挂靠人联系客户、洽谈业务和提供服务，行为后果归属于被挂靠人，这种情况下双方构成了事实上的代理关系。因此被挂靠人向挂靠人支付费用时，应由挂靠人向被挂靠人开具“代理服务”发票，而不能开具挂靠人对外提供服务时的品名，因为挂靠人没有向被挂靠人提供这类服务。
承上例，假如约定由A承担法律责任和开具发票，其他条件不变，则A在支付余款时，应由B就余款部分向A开具品名为“代理服务”的发票，而不能开具品名为“餐饮服务”等对外提供服务时开具的发票。
除挂靠经营外，对于承包经营、承租经营等类似行为，只要在承包人和发包人之间或承租人与出租人之间存在约定或事实证明由承包人、承租人承担法律责任，均可比照第一种情形开具发票；否则应按照第二种情形处理。
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